А я встречал подобное, только все было проще. Человеку кто-то звонил через WhatsApp, не дозванивался... А пользователю ни к чему, что цифра на 1, 2,3... на значке мессенджера обозначает не только коль-во новых сообщений, но и количество пропущенных звонков. проверьте)
у всех разные решения такого глюка, как-то наобум то одно, то другое помогает, как вариант: можно обновить приложение или вообще переустановить его заново (там все сохранится, не переживайте)
Это скорее частое явление, чем редкость. Вотсапп бывает дает сбой, вне зависимости от марки телефона, на котором он может быть установлен. Выйдите из приложения, перезагрузите телефон и снова зайдите - должно помочь.