Да, это нормально и они вполне совместимы, работать будут без сбоев, но пропускная способность будет от адаптера (т.е. PCIEx1), хотя материнка и позволяет большую.
Не пожалейте копеечку и купите новый адаптер, если материнка дает больший простор, а этот продайте на авито. Так-то конечно все будет работать, но зачем занижать имеющиеся возможности.