В Windows 10, не знаю какая у Вас версия ОС, Скайп работает в фоновом режиме и в автозапуске, как тут Вам говорят, его нет. Если скайп выскакивает на рабочем столе, значит этот скайп надо просто удалить и установить скайп из магазина MS. Всё сразу станет на свои места и скайп появится только если к Вам идёт обращение или можете сами его запустить из меню пуск. По поводу удаления и установки, не переживайте за сохранность контактов. Просто войдёте в новый скайп со своими данными. Проблем нет.
Есть еще способ, многие пользуются прогой CCleaner, там много чего есть включая опции - настройка автозагрузки. Лично пользуюсь этим комплексным решением
Нажимайте одновременно Win+R (откроется окошко “выполнить”) прописываем в строке msconfig->Enter и во вкладке автозагрузка убираем галочку с нужной программы.
Дело в том, что при установке многие программы попадают в категорию “Автозагрузка” (это касается не только скайп, но и антивирусов, клинеров и прочие). Отключить это очень легко: необходимо зайти в “Диспетчер задач” -> вкладка “Автозагрузка” -> снять галочку с тех программ, которые вы не хотите чтобы запускались без вашего ведома. P.S. Для запуска диспетчера задач: CTRL+ALT+DEL